Les rémunérations, les frais de fonctionnement de BE-WATT, les investissements et les dépenses dans le cadre de l'exécution de l'ensemble de tâches de BE-WATT sont supportés par le budget de BE-WATT.
Le budget de BE-WATT est géré par le directeur général, en concertation avec le comptable justiciable de BE-WATT, sous l'autorité du comité de gestion, dans le respect des règles applicables aux services administratifs à comptabilité autonome.